Elyse Energy compte actuellement 7 équipes :
- L'équipe ESG & RP: communication interne et externe (notamment institutionnelle), durabilité et responsabilité sociale d'entreprise
 - L'équipe Business: développement business, approvisionnement biomasse et CO2, et commercialisation des molécules
 - L'équipe Industrie: en charge de l’exécution et de la réalisation des projets
 - L'équipe People: tous les aspects RH (stratégie RH, recrutement, admin)
 - L'équipe Finance: financements et corporate finance
 - L'équipe IT & Data: fournit aux métiers l'ensemble de l'infrastructure réseau/data et les logiciels adaptés
 - L'équipe Iberia: développe le modèle d'Elyse sur toute la péninsule ibérique