Informations clés

Thèse sur le développement et la validation de modèles permettant la découverte de bioactifs innovants pour lutter contre des maladies des cultures

• Contrat : thèse CIFRE

• Equipes d’accueil : unité de recherche AGHYLE, UniLaSalle Rouen

• Rémunération / Package : 27 000 €- 29 000 € brut / an

• Prise de poste : dès que possible

• Équipe actuelle Biom InnoV : 4 personnes en CDI

• Site de l’entreprise - https://www.biominnov.fr/

Pourquoi ce recrutement ?

L’entreprise

Biom InnoV, start-up basée à Saint Malo, développe et commercialise des biosolutions destinées à lutter contre les maladies des cultures. Ces technologies innovantes sont fondées sur une approche unique intégrant la notion d’holobionte, c’est-à-dire la plante et l’ensemble de son microbiote (bactéries, champignons, virus, protistes, etc.).

Notre ambition est de devenir le leader mondial dans l’identification de médicament vert pour combattre les maladies des cultures. Nous envisageons un développement à l’international dans les 5 prochaines années. Notre technologie s’inscrit dans la transition agricole.

Le laboratoire

L’unité de recherche AGHYLE, basée sur les campus UniLaSalle de Rouen et de Beauvais rassemble 37 enseignants-chercheurs/chercheurs dont 7 HDR, 4 ingénieurs d’étude, 5 techniciens et 10 doctorants. Elle dispose d’un ensemble de plateaux techniques et de plateformes technologiques permettant la mise en œuvre de ses programmes scientifiques.

L’ensemble des plateformes et plateaux techniques du campus de Rouen ont reçu, en 2025, le label IBiSA (Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie).

La thèse Cifre est basée dans le laboratoire de l’unité de recherche AGHYLE UP2018.C101 d’UniLaSalle Rouen qui dispose d’un large choix d’équipement de laboratoire ainsi que d’une serre équipée pour le phénotypage aérien et racinaire (plateforme AgroBioTech).

Missions principales

La thèse Cifre s’inscrit dans la volonté de screening à haut débit d’une nouvelle génération de bioactifs impliqués dans la lutte contre les maladies des plantes. Cette approche innovante n’est pas un concept, 2 produits vont entrer en phase du processus de demande d’une autorisation de mise sur le marché, à la suite d’une première thèse CIFRE, thèse de Valentin Penaud (Biom InnoV & UniLaSalle) soutenue en juin 2025.

Cette solution constitue une alternative durable aux pesticides conventionnels, en réduisant les risques de développement de résistances tout en favorisant une agriculture plus respectueuse des écosystèmes et de la santé humaine.

L’objectif des missions du doctorant est de participer à la mise au point des modèles de screening qui permettront de tester des candidats potentiels de molécules de biocontrôle.

Cette approche repose sur 3 axes :

• Evaluation sur des agents pathogènes

• Evaluation de la protection de la plante

• Evaluation sur le microbiote

1. Evaluation sur des agents pathogènes

   L’enjeu est de mettre en œuvre des méthodes de screening rapide, à moindre coût, nécessitant une faible quantité de substance testée tout en garantissant une reproductibilité optimale des résultats, à différentes échelles (cellules végétales jusqu’aux essais au champ, en lien avec la pratique agricole).

   Le développement de pathosystèmes menaçant notre autonomie alimentaire seront mis au point au moyen d’outils comme la néphélométrie, la microscopie à haut débit couplée à la fluorimétrie. Ces méthodes permettent de connaître la vitalité des micro-organismes, et aussi des structures de reproduction comme les oospores et sporanges. Nous proposons d’étudier les pathogènes suivants Leveillula taurica, Fusarium graminearum, Pythium ultimum, Zymoseptoria tritici.

2. Evaluation de la protection de la plante

   Il s’agira de comprendre l’interaction des extraits avec la plante. De façon à répondre aux enjeux des agriculteurs et des consommateurs, les couples pathogènes-plantes suivants sont identifiés : Phytophthora infestans – tomate, Leveillula taurica – tomate, Zymoseptoria tritici – Blé. Fusarium graminearum – blé, Pythium ultimum – blé.

   Ces modèles intégreront des moyens de détection d’agents pathogènes ou de la production de métabolites secondaires in planta par la spectroscopie infra-rouge et l’étude des réactions de défense par la mise au point d’outil comme la puce qPFD® (brevet INRAE), et/ou par l’électrophysiologie.

3. Evaluation sur le microbiote

   L’objectif est de vérifier l’innocuité de l’extrait de plante et de sa formulation vis-à-vis de l’homme et des micro-organismes de la phyllosphère et de la rhizosphère. Cette étape débute avec les essais d’impact sur les microorganismes constitutifs du microbiote des plantes ou présents à proximité.

   Ces modèles permettront de tester des extraits de plante, des fractions de ces extraits pour identifier des actifs, les actifs et les produits formulés.

   Cette approche vise à identifier des facteurs clés prédictifs de l’efficacité des composés contre différentes familles d’agents pathogènes, notamment à travers de : i) l’identification de marqueurs moléculaires associés à la sensibilité des pathogènes ii) l’établissement d’une relation entre la structure chimique des actifs et leurs cibles biologiques, permettant d’optimiser leur mode d’action et leur spécificité.

👉 La thèse Cifre est basée dans le laboratoire de l’unité de recherche AGHYLE UP2018.C101 d’UniLaSalle Rouen qui dispose d’un large choix d’équipement de laboratoire ainsi que d’une serre équipée pour le phénotypage aérien et racinaire (plateforme IBiSA AgroBioTech).

Le doctorant sera encadré par Isabelle Gattin, Directrice de l’unité de Recherche AGHYLE Unilasalle Groupe, Adrien Gauthier, Enseignant-Chercheur en Phytopathologie et Aude Bernardon Méry, CEO Biom InnoV.

🌱 AgriLife Studio : Le startup studio à Impact

Biom InnoV est une startup co-créée par Agrilife Studio, le premier startup studio à impact dédié aux enjeux environnementaux et sociétaux de l’agriculture de demain.

Nous offrons un soutien stratégique et opérationnel

• Une équipe Agrilife opérationnelle pour accompagner la structuration

• Un financement sur mesure

• Un accès facilité à des réseaux

Compétences & expériences

• Diplôme requis : Master 2 ou ingénieur avec un double diplôme (master recherche) avec une ou plusieurs des spécialités suivantes : pathologie végétale, microbiologie, biochimie, biologie moléculaire.

• Compétences attendues : microbiologie, développement des cultures en conditions contrôlées, phytopathologie, physiologie végétale, titulaire du permis

• Langues : français et Anglais (parlé et écrit)

Qualités humaines / soft skills

• Capacité à travailler en équipe

• Ouverture et capacité à travailler en équipe inter-/pluri-disciplinaire

• Capacité à travailler en autonomie

• Respect des atteintes des objectifs et délais

• Ouvert à l’innovation, ouvert d’esprit et flexible

• Proactivité

Personnes en charge du recrutement :

• Isabelle Gattin, Unilasalle Rouen : isabelle.gattin@unilasalle.fr,

• Adrien Gauthier, Unilasalle Rouen : adrien.gauthier@unilasalle.fr

• Aude Bernardon Méry, Biom InnoV : aude.bernardon-mery@biominnov.fr

Procédure de candidature :

Présélection sur dossier : Les candidat(e)s sont invité(e)s à envoyer un CV, une lettre de motivation, le relevé de notes et un résumé de leur mémoire de master aux personnes mentionnées ci-dessus. Tout dossier incomplet ne pourra être considéré.

Audition : début septembre. Les candidat(e)s présélectionné(e)s seront invité(e)s à présenter leurs motivations leur compréhension du projet de thèse et le type de questionnement qu’il suggère.