L’examen histologique s’inscrit dans la chaîne de dépistage d’un cancer. Il consiste à analyser au niveau microscopique un prélèvement de tissu et permet de confirmer une présence tumorale, qualifier le type de cancer détecté et, ainsi, ajuster la thérapie.

Une fois la tumeur détectée, des examens complémentaires doivent être faits pour évaluer sa gravité. La détection des lymphocytes intra-tumoraux (TILs) en fait partie. Ce sont des noyaux spéciques présents dans des régions spécifiques des tumeurs appelées stroma tumoral.
A Primaa, nous avons développé des briques algorithmiques qui pourront aider à la détection des TILs :

• un algorithme de localisation du cancer
• un algorithme de segmentation de noyau

Pour détecteur les TILS, il s’agira

• de distinguer les lymphocytes des autres noyaux
• de localiser le stroma tumoral

Cf. ref 1 (parties 1 et 2) pour un exemple de détection automatique de TILs

Objectifs du stage

• construire un classifieur de lymphocytes, éventuellement sur la base de
  notre outil de segmentation des noyaux, en utilisant des bases de données publiques
  et, le cas échéant, des données qui seront labellisées pendant le stage
• développer une méthode de localisation du stroma tumoral. C’est un sujet ouvert à
  propos duquel la littérature propose des pistes variées

(1) : Sun P, He J, Chao X, Chen K, Xu Y, Huang Q, Yun J, Li M, Luo R, Kuang J, Wang H, Li H, Hui H, Xu S. A Computational Tumor-Infiltrating Lymphocyte Assessment Method Comparable with Visual Reporting Guidelines for Triple-Negative Breast Cancer. EBioMedicine. 2021 Aug;70:103492. doi: 10.1016/j.ebiom.2021.103492. Epub 2021 Jul 16. PMID: 34280779; PMCID: PMC8318866.

Infos pratiques

• rémunération : 1000€/mois + remboursement 50% du navigo
• Primaa est basée à Paris, dans le 2ème arrondissement

Ce qui est top chez Primaa

• On travaille pour améliorer la prise en charge des patients… ça compte
• On travaille au quotidien avec une médecin qui fait partie de l’équipe
• L’équipe est (vraiment) super sympa
• On a de super locaux, au centre de paris

• M2 / dernière année d’école d’ingénieur
• stage de 6 mois minimum (début entre Mars et Mai 2022)
• connaissances en computer vision (image processing, deep learning) : tensorflow et/ou pytorch, scikit-image ….
• connaissance en python

visio ou rencontre avec deux membres de l’équipe data