Notre nouvelle équipe, Augmented Diagnostics, se consacre à la résolution de problèmes critiques en lien avec la qualité et la sécurité dans les domaines des industries agroalimentaires et pharmaceutiques. Vous devrez comprendre les besoins spécifiques des clients en termes d’analyse des données bio-informatiques. Vous vous concentrerez, mais pas exclusivement, sur les technologies de séquençage à haut débit, les SEdata, et travaillerez avec l’équipe scientifique pour créer des modèles prédictifs à partir des données de séquençage lorsque cela est possible. Vous sera en charge de tester les logiciels disponibles et de développer des pipelines d’analyse de données pour du « Whole Genome Sequencing (WGS) » et des analyses de type microbiomes pour la comparaison des échantillons, la quantification des espèces et la conception d’outils de compte rendu appropriés pour les clients finaux.
Vos missions seront de : 

• Développer des logiciels et/ou des pipelines pour les besoins de la bio-Informatique

• Concevoir et utiliser de nouveaux algorithmes selon les besoins pour : Exploiter les ensembles de données disponibles

• Effectuer des analyses de données et d’erreurs pour améliorer les modèles

• Nettoyer et valider les données résultantes pour en assurer l’uniformité et la précision

• Élaborer des modèles de rapports pour les pipelines bio-informatiques mis au point avec des stratégies de visualisation des données faciles à interpréter.

• Extraire des informations et des ensembles de données spécifiques à partir de référentiels accessibles au public

• Installer et maintenir des outils bio-Informatiques pour l’analyse d’ensembles de données de « Whole Genome Sequencing » provenant d’échantillons bactériens ou viraux

• Evoluer dans des environnements IT à haute performance ou de “Cloud Computing”

• Transférer les modèles analytiques en production en collaborant avec l’équipe de développement et d’industrialisation des algorithmes.

• Master ou PhD en n bio-informatique, biologie, informatique ou dans un domaine connexe

  • 7 ans d’expérience dans la structuration, la validation, l’analyse et la modélisation d’ensembles de données
  • 5 ans d’expérience en bio-informatique appliqué à la microbiologie
  • 5 ans d’expérience de programmation dans au moins un des langages de programmation les plus utilisés en bio-informatique : Python, R , Java ou Matlab. Une maîtrise démontrée de Python et la connaissance de Javascript, CSS et d’autres langages de programmation pour le web et la visualisation de données sont préférables.
  • Expérience dans l’analyse d’ensembles de données sur les microbiomes à l’aide des techniques de séquençage 16S ou Shotgun
  • Expérience dans l’utilisation de technologies basées sur les conteneurs telles que Docker ou Singularity
  • Expérience des environnements de calcul haute performance, de l’utilisation de logiciels de planification des tâches (SLURM, SGE, UGE) et des gestionnaires de flux de travail (Nextflow, SnakeMake, Apache AirFlow)
  • Maîtrise de l’exploration de données, des mathématiques et de l’analyse statistique
  • Aisance à travailler dans un groupe dynamique, axé sur la recherche, avec plusieurs projets simultanés en cours
  • Capacité à s’adapter dans un environnement dynamique et évolutif
  • Excellentes aptitudes à la communication écrite et orale pour la coordination entre les équipes.