Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) MOSAIC

La FHU MOSAIC « Multiscale Optimized Strategy for Artificial Intelligence-based Imaging Biomarkers in Digestive Cancer » est un projet financé par l’APHP (2020-2025), piloté par la Direction de la Recherche Clinique et de l’Innovation (DRCI) visant à créer une forte synergie entre l’hôpital, les universités et les organismes de recherche pour améliorer la recherche médicale, la qualité des soins et l’enseignement, et contribuer au rayonnement de l’innovation et à une meilleure visibilité internationale.
Le projet MOSAIC vise à identifier des biomarqueurs pronostiques et théranostiques tissulaires des tumeurs digestives à travers le développement d’une approche d’imagerie multiparamétrique multi-échelle, combinant radiologie (macroscopie), pathologie (microscopie et moléculaire) et médecine nucléaire (fonctionnelle). À l’aide de méthodes d’intelligence artificielle (IA), ce projet combine les multiples facettes de l’imagerie des tumeurs pour améliorer leur caractérisation et leur prise en charge. En particulier, cela permettra de mettre en évidence des corrélations entre les marqueurs d’imagerie (Radiologie, Histologie et Moléculaire) et l’agressivité / réponse tumorale à la thérapie, aujourd’hui méconnues. Le projet se concentre sur les carcinomes hépatocellulaires (CHC) et les tumeurs neuro-endocrines (TNE) car ils partagent des caractéristiques morphologiques et cliniques, en particulier l’absence de marqueurs d’imagerie pertinents et reproductibles corrélés aux signatures moléculaires, et l’expertise spécifique locale internationalement reconnue.

Direction de la Recherche Clinique et de l’Innovation (DRCI)

La Direction de la Recherche Clinique et de l’Innovation (DRCI) de l’AP-HP est chargée de piloter les projets de recherche développés par l’AP-HP et de suivre l’ensemble des activités de recherche et d’innovation dans lesquels le CHU est impliqué :
o près de 3 200 projets de recherche en cours, tous promoteurs confondus
o près de 1 200 projets de recherche dont l’AP-HP assure la promotion et la gestion
o plus de 24 604 patients inclus dans des essais cliniques à promotion AP-HP
La DRCI contribue à la définition de la politique de recherche et d’innovation de l’AP-HP. Elle met notamment en oeuvre, conformément aux dispositions législatives et réglementaires applicables, l’ensemble des dispositifs nécessaires pour la promotion et la gestion de la recherche clinique. Elle accompagne les cliniciens et équipes de recherche, suit et contrôle la réalisation de ces études avec ses 14 Unités de Recherche Clinique (URC), implantées au sein des Groupes Hospitaliers Universitaires (GHU) dont 2 ont un caractère transversal, l’URC en économie de la santé et le département des essais cliniques (DEC) de l’AGEPS.
La DRCI met également en oeuvre une politique de transfert de technologie et de valorisation de la
recherche, ainsi qu’une démarche de détection et d’accompagnement des innovations.
La DRCI collabore étroitement avec près de 90 unités mixtes de recherche (Inserm, CNRS, CEA, INRA,
etc.), 17 CIC (Centres d’investigation clinique), 4 CRC (Centres de recherche clinique), 12 Centres de
Ressources Biologiques (CRB), 4 CTRS/RTRS (Centres / Réseaux Thématiques de Recherche et de Soins),
21 FHU et des plateformes de recherche.

Pôle Innovations & Données - Direction des Systèmes d’Information (DSI) de l’AP-HP

Le pôle Innovations et Données, constitué d’environ 60 personnes, a pour missions d’adresser les enjeux
croissants relatifs à l’accès et au traitement des données pour l’innovation, la recherche, le pilotage et le développement de la médecine de précision. Le pôle est composé de 6 domaines dont le domaine plateforme Données Massives ayant pour objectifs de consolider, industrialiser et étendre les usages de la plateforme Big Data de l’AP-HP. L’équipe est notamment responsable de l’ingénierie des données, de l’administration de l’infrastructure, et du développement d’outils informatiques permettant l’exploitation
des données en adressant les besoins de la recherche, du pilotage et de l’innovation.
La Plateforme « Données Massives » héberge l’Entrepôt de Données de Santé (EDS) de l’AP-HP ainsi que
les outils permettant la mise à disposition et le traitement de données massives. Celle-ci est constituée aujourd’hui d’un cluster Hadoop (distribution Hortonworks avec les briques Hive, Spark2, Solr, Phoenix, Hbase, HDFS, Zookeper, Ambari…), une base de données PostGreSQL, et des outils d’exploitation de données Jupyter Lab, l’outil I2B2, Cognos… L’infrastructure sur site au sein des data-centers de l’AP-HP compte actuellement 22 machines pour le cluster Hadoop (4928Go RAM, 840 cores CPU, 1,8Po d’espace
disque HDFS), 3 machines GPU (20 GPU Nvidia), et 10 machines CPU dédiées aux environnements
Jupyter, et 1 machine NFS de 78To.
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Vos missions

L’activité s’exercera dans le cadre du FHU MOSAIC.

Mission principale : Project Manager FHU MOSAIC

• Collaborateur direct du directeur de FHU (Pr Valérie Paradis), en articulation étroite avec les équipes du
  FHU, les pôles de la DRCI (en particulier le pôle qualité et thématiques transversales, le pôle gestion, le
  chargé sourcing DRCI du GHU, le référent du secteur collaboration) et l’URC de référence
• Organiser le bon déroulement et le suivi du projet en lien étroit avec le responsable de FHU
• Centraliser toutes les informations concernant le projet, et dispose d’une vision globale et opérationnelle.
• Etre l’interlocuteur privilégié de l’ensemble des personnes concernées par le projet FHU

La connaissance de projets SI sera un plus :

• En collaboration étroite avec le responsable projet au sein de l’EDS, coordonner les différentes phases de conception et de réalisation du projet d’imagerie intégrée pour l’identification de signatures imagomiques (multi-images) des carcinomes hépatocellulaires et tumeurs neuroendocrines

LIAISON HIERARCHIQUE DIRECT
Le Project Manager est rattaché au coordonnateur FHU DRCI, responsable du pôle Qualité et Thématiques
transversales

AUTORITE FONCTIONNELLE
Le Project Manager FHU travaille sous l’autorité du coordonnateur de MOSAIC qui le recrute. Il sera évalué
chaque année conjointement par le coordonnateur de MOSAIC et le coordonnateur FHU de la DRCI.

Activités

GESTION DE PROJET

• Accompagner la mise en place et le suivi du projet FHU
• Assurer la communication entre les équipes et les échanges d’informations entre les bons contacts,
• Structurer le recueil de besoin des anatomopathologistes sur les projets de lames virtuelles
• Participer à la création d’un groupe de travail de lames virtuelles en lien avec la collégiale
  d’anatomopathologie et la DSI
• Animer et assurer la tenue des réunions, rédiger et diffuser les ordres du jour et les comptes
  rendus des diverses réunions du projet, assurer de manière générale le secrétariat du projet
• Coordonner le rapport d’activité annuel du FHU

COORDINATION ET SUIVI DES PROJETS AU SEIN DU FHU

• Aider à répondre aux appels à projet type RHU, projets européens type H2020 en lien avec les
  pôles et URC DRCI
• Superviser et coordonner le travail de l’ensemble des acteurs internes et/ou externes,
• Rencontrer les différents acteurs participant au projet, les partenaires
• Suivre le déroulement des projets, l’exécution du planning, faire le lien avec les structures de
  soutien à la recherche
• Alerter les services concernés en cas de problème sur les projets

STRUCTURATION RESEAU IMAGERIE (en lien avec l’ingénieur DSI)

• Assurer l’anonymisation et la standardisation de l’ensemble des données collectées pour les besoins
  du projet
• Industrialiser les flux d’alimentation de la Plateforme Big Data à partir du PACS (Radiologie) et
  Calopix (Anatomie pathologique) et REDCAP (données cliniques) de l’APHP
• Participer à la conception et au développement des outils adaptés à l’intégration et à l’exploitation
  des différentes sources de données (IRM, scanner, médecine nucléaire, lames d’anatomopathologie,
  imagerie laser de type MALDI) au sein de l’entrepôt de données et du cluster mégadonnées afin de
  contribuer au développement d’outils d’IA dans le domaine de l’imagerie médicale
• Accompagner la mise à disposition des données dans le cadre du projet MOSAIC et la mise en oeuvre
  des outils techniques nécessaires à leur exploitation

GESTION FINANCIERE ET ADMINISTRATIVE

• Assurer le suivi et l’analyse des dépenses en lien avec la cellule recherche du GHU et le secteur
  gestion de la DRCI

Idéalement, vous …

• avez un diplôme d’ingénieur ou équivalent (bac+5, master2 - Mathématiques, Informatique, Santé publique, etc.)
• êtes professionnel titulaire d’un diplôme de 3es cycle universitaire (Master ou Doctorat) dans le domaine
  d’activité du projet, complété par une formation ou une expérience significative en gestion de projet
• avez l’expérience dans la gestion technique de projets informatiques (admin système, développeur, …)
• avez l’expérience de deux ans minimum dans la coordination de projet de R&D mais est aussi ouvert auxjeunes diplômés.
• avez un niveau d’anglais courant

Vous avez un savoir faire dans un de ces domaines :

• Maîtrise des techniques de gestion de projet (planning, Gantt) et des outils associés
• Bonne connaissance du domaine scientifique du projet et de la recherche clinique et translationnelle
• Savoir planifier des actions, respecter et faire respecter les délais, gérer les aléas
• Bonne connaissance de l’AP-HP, de son écosystème, de ses missions, de son organisation structurelle
• Maîtrise de l’anglais, à l’oral comme à l’écrit
• Animer un réseau, Etablir des relations, Relancer des partenaires
• Identifier, analyser, évaluer, hiérarchiser et prioriser les besoins et les attentes

Des connaissances en structuration Réseau imagerie seraient un plus :

• Maîtrise des langages Python, SQL
• Maitrise du format DICOM et des outils PACS
• Bonnes Connaissances des outils ETL (Talend, Sqoop…)
• Connaissance des bases de données Oracle ou Postgresql
• Connaissances en développement d’algorithmes de machine learning et d’API
• Connaissance des bonnes pratiques de sécurité informatique

Et humainement ? vous êtes …

• doté(e) de qualités relationnelles et de communication : savoir écouter, dialoguer, argumenter en s’adaptant à l’ensemble des interlocuteurs, faire preuve de maîtrise de soi et de diplomatie
• Organisé(e), rigoureux(se), méthodique, flexible et agile, avec un sens des délais et du résultat
• doté(e) d’un bon esprit d’analyse, de synthèse, d’une grande aisance orale et rédactionnelle

2 à 3 entretiens