A propos du projet de recherche hopitalo universitaire (RHU) RECORDS (ANR-18-RHUS-004)

L’objectif principal du projet RECORDS (Rapid rEcognition of COrticosteroid Resistant or sensitive Sepsis) est la mise au point des tests diagnostiques permettant d’identifier rapidement les patients en choc septique possiblement sensibles ou résistants aux corticoïdes. Le consortium RECORDS réunissant cinq partenaires académiques et quatre industriels, va identifier une ou plusieurs signatures à base d’Intelligence Artificielle (IA), caractérisant la réponse aux corticoïdes, en combinant des marqueurs biologiques de l’inflammation, de la déficience immunitaire et de la résistance ou de la sensibilité aux corticostéroïdes chez près de 3000 patients avec un choc septique issus de deux cohortes (APROCCHS et RECORDS).
Un essai contrôlé randomisé multicentrique multi-bras à affectation cachée coordonné par l’Unité de Recherche Clinique (URC) Paris Saclay permettra d’évaluer au cours du temps (essai adapatatif) la valeur de tests diagnostique dans l’identification rapide de patients en choc septique sensibles aux corticoïdes. L’impact de santé publique attendu est de disposer de tests simples, réalisables au chevet du patient et à réponse rapide, permettant de personnaliser le traitement par corticoïdes de chaque patient, afin d’améliorer les pratiques cliniques et diminuer la mortalité et les séquelles liées au sepsis.
Le département Innovation et Données, co-leader du WP2, a la charge du développement de la plateforme RECORDS permettant la collecte et l’exploitation des données du projet. L’enjeu technologique est de constituer l’entrepôt de données RECORDS adossé à la structure « platform trial » permettant la réalisation de nouvelles recherches dans le domaine du sepsis.

Direction de la Recherche Clinique et de l’Innovation (DRCI)

La Direction de la Recherche Clinique et de l’Innovation (DRCI) de l’AP-HP est chargée de piloter les projets de recherche développés par l’AP-HP et de suivre l’ensemble des activités de recherche et d’innovation dans lesquels le CHU est impliqué :
o près de 3 200 projets de recherche en cours, tous promoteurs confondus
o près de 1 200 projets de recherche dont l’AP-HP assure la promotion et la gestion
o plus de 24 604 patients inclus dans des essais cliniques à promotion AP-HP
La DRCI contribue à la définition de la politique de recherche et d’innovation de l’AP-HP. Elle met notamment en oeuvre, conformément aux dispositions législatives et réglementaires applicables, l’ensemble des dispositifs nécessaires pour la promotion et la gestion de la recherche clinique. Elle accompagne les cliniciens et équipes de recherche, suit et contrôle la réalisation de ces études avec ses 14 Unités de Recherche Clinique (URC), implantées au sein des Groupes Hospitaliers Universitaires (GHU) dont 2 ont un caractère transversal, l’URC en économie de la santé et le département des essais cliniques (DEC) de l’AGEPS.
La DRCI met également en oeuvre une politique de transfert de technologie et de valorisation de la
recherche, ainsi qu’une démarche de détection et d’accompagnement des innovations.
La DRCI collabore étroitement avec près de 90 unités mixtes de recherche (Inserm, CNRS, CEA, INRA,
etc.), 17 CIC (Centres d’investigation clinique), 4 CRC (Centres de recherche clinique), 12 Centres de
Ressources Biologiques (CRB), 4 CTRS/RTRS (Centres / Réseaux Thématiques de Recherche et de Soins),
21 FHU et des plateformes de recherche.

Pôle Innovations & Données - Direction des Systèmes d’Information (DSI) de l’AP-HP

Le pôle Innovations et Données, constitué d’environ 60 personnes, a pour missions d’adresser les enjeux
croissants relatifs à l’accès et au traitement des données pour l’innovation, la recherche, le pilotage et le développement de la médecine de précision. Le pôle est composé de 6 domaines dont le domaine plateforme Données Massives ayant pour objectifs de consolider, industrialiser et étendre les usages de la plateforme Big Data de l’AP-HP. L’équipe est notamment responsable de l’ingénierie des données, de l’administration de l’infrastructure, et du développement d’outils informatiques permettant l’exploitation
des données en adressant les besoins de la recherche, du pilotage et de l’innovation.
La Plateforme « Données Massives » héberge l’Entrepôt de Données de Santé (EDS) de l’AP-HP ainsi que
les outils permettant la mise à disposition et le traitement de données massives. Celle-ci est constituée aujourd’hui d’un cluster Hadoop (distribution Hortonworks avec les briques Hive, Spark2, Solr, Phoenix, Hbase, HDFS, Zookeper, Ambari…), une base de données PostGreSQL, et des outils d’exploitation de données Jupyter Lab, l’outil I2B2, Cognos… L’infrastructure sur site au sein des data-centers de l’AP-HP compte actuellement 22 machines pour le cluster Hadoop (4928Go RAM, 840 cores CPU, 1,8Po d’espace
disque HDFS), 3 machines GPU (20 GPU Nvidia), et 10 machines CPU dédiées aux environnements
Jupyter, et 1 machine NFS de 78To.

Vos missions

L’activité s’exercera dans le cadre du RHU RECORDS

Mission principale

Au sein de l’équipe Recherche du pôle Innovation et Données, d’environ 6 professionnels, rattaché(e) au/à la chef(fe) de projets Grands Projets de Recherche, vous aurez pour mission générale d’assurer la gestion du projet de développement de la plateforme RECORDS dans son ensemble, en lien avec l’URC de Paris Saclay, le chef de projet RECORDS de la DRCI et le consortium du projet : management transversal des équipes intervenant sur le projet, lien avec les utilisateurs, définition de la roadmap du projet, et déploiement…

Activités

Vous aurez ainsi pour missions de :

PILOTER ET ENCADRER LES ACTIVITES DU DEPARTEMENT DANS LE CADRE DU PROJET RECORDS

• Assurer le suivi des aspects réglementaires, budgétaires et contractuels du projet
• Assurer en mode Agile l’animation des développements nécessaires pour la mise en œuvre de la plateforme
• Vous assurez de la cohérence des briques techniques de la plateforme RECORDS avec les solutions déjà déployées au sein de la Plateforme Données Massives
• Vous assurez du caractère générique de la solution développée qui tout en répondant aux exigences du projet RECORDS pourra être déployée dans le cadre d’autres projets de recherche
• Participer à l’élaboration de l’offre de service Recherche et de la stratégie IA au sein du département

ASSURER LE CADRAGE, LA QUALIFICATION, LA MISE EN ŒUVRE DE LA PLATEFORME RECORDS EN MODE AGILE

• Assurer en lien avec l’URC de Paris Saclay, la DRCI et les futurs utilisateurs le cadrage et les spécifications des versions itératives de la Plateforme RECORDS en veillant à ce que ces solutions soient mutualisables et modulaires permettant la réutilisation de modules d’un projet à l’autre.
• Assurer la qualification des versions et leur documentation
• Assurer le respect des délais et des KPIs définis dans le cadre du projet
• Assurer la conformité réglementaire des solutions (conformité au RGPD, aux méthodologies de référence de la CNIL, aux référentiels de sécurité SI applicables…)

DEPLOYER LA PLATEFORME RECORDS

• Définir, en lien avec l’URC Paris Saclay, la stratégie de déploiement appropriée et le plan de data management
• Accompagner et former les utilisateurs de la plateforme (solution CleanWeb, portail RECORDS) en lien avec l’URC
• Rédiger une documentation pédagogique

ASSURER LE MAINTIEN EN CONDITIONS OPERATIONNELLES DE LA PLATEFORME

• Assurer le paramétrage et les évolutions de la plateforme RECORDS en interaction étroite avec l’URC et le consortium RECORDS
• Apporter un support utilisateurs (qualifier la demande, traiter les incidents N1/N2, escalader les incidents au support N2/N3 (équipe Plateforme)
• Recenser les demandes d’évolution, documenter

COMMUNIQUER ET PROMOUVOIR LA SOUTION DEVELOPPEE

• Participer à la communication autoyr des activités du WP2 du projet RECORDS (site web RECORDS, newsletter DRCI, visibilité du projet et de la solution développée)
• Participer à l’industrialisation de la solution et à son utilisation dans le cadre d’autres projets de recherche

Idéalement, vous …

• Vous avez un diplôme d’ingénieur ou équivalent (bac+5, master 2)/Doctorat en informatiques ou sciences (mathématiques, physique…) avec formation complémentaire en informatique
• Vous avez une expérience professionnelle de gestion de projet informatique (Product management) en mode agile dans le domaine de la santé.
• avez un niveau d’anglais courant

Vous avez un savoir faire dans un de ces domaines :

• Vous êtes chef de projet expérimenté en conduite de projets informatique
• Vous maitrisez les méthodes de développements agiles, savez adopter une approche pragmatique des problèmes, pour créer des outils utilisables en production rapidement, notamment en s’appuyant sur l’existant,
• Vous avez la capacité de comprendre rapidement les enjeux d’un projet afin de créer et développer de nouvelles solutions adaptées aux cas d’usage
• Vous savez recueillir, analyser, formaliser et valider les besoins fonctionnels et non fonctionnels exprimés par la maitrise d’ouvrage et les utilisateurs, rédiger et affiner pitch & user stories, gérer du backlog, préparer avec l’équipe technique des sprints & batchs en méthode Agile
• Vous savez concevoir des modèles de données, appréhender les formats de données et les procédures d’échange
• Vous savez piloter, animer / communiquer, motiver une ou plusieurs équipes, conduire et animer des réunions
• Vous savez adapter les moyens mis à disposition (ressources financières, humaines) et gérer le planning des projets
• Vous avez une connaissance approfondie des bases de données (Oracle, PostgreSQL) et des langages SQL associées
• Vous avez une connaissance approfondie en sécurité informatique, normes et standards d’échange
• Connaissance des enjeux liés à la recherche, à l’analyse de données et aux technologies de machine learning/deep learning, notamment dans le domaine de la santé (santé publique, génétique, épidémiologie…)
• Vous connaissez les standards d’interopérabilité dans le domaine de la santé (IHE, HL7 FHIR, CDA, OMOP, CIM, CCAM, LOINC, SNOMED)

Et humainement ? vous êtes …

• Passionné(e) par la data et les nouveaux usages
• Organisé(e), méthodique, flexible et agile
• Force de proposition, curieux et créatif
• Doté(e) d’un bon esprit d’analyse, de synthèse, d’une grande aisance orale et rédactionnelle
• Avez d’excellentes aptitudes relationnelles et de communication, d’accompagnement au changement, une bonne capacité d’écoute et de vulgarisation, et une capacité d’animation de groupes de travail
• Savez communiquer efficacement sur l’avancement des tâches auprès de votre hiérarchie

• Echange téléphonique avec le(la) chef(fe) de projet Grands Projets de Recherche ou le directeur de projets Recherche
• Entretien physique avec le(la) chef(fe) de projet Grands Projets de Recherche, le directeur de projets Recherche et la directrice adjointe des domaines Donnée et Recherche
• Etude de cas à faire à domicile